Ông có tên thật là Obito no Miko, con trai của Thiên hoàng Monmu có với người vợ là Fujiwara no Miyako, con gái của Fujiwara no Fuhito. Hoàng tử Obito lớn lên trong cảnh hỗn loạn của triều đình: cha băng hà, hai người bà (Thiên hoàng Gemmei) và cô của ông (Thiên hoàng Genshō) thay nhau kế ngôi. Hơn nữa, lúc này thế lực của họ Fujiwara trỗi dậy và bắt đầu khuynh đảo triều đình. Đầu năm 724, Genshō chỉ định cháu mình làm người thừa kế trước khi thoái vị. Sau khi Genshō rời bỏ ngôi vị (tháng 3/724), cháu của bà là hoàng tử Obito lên ngôi, lấy hiệu là Thiên hoàng Shōmu.